Naast de besmetting met diverse Borellia species kunnen ook andere infecties door een tekenbeet worden overgebracht (o.a. Babesia, Ehrlichia en Bartonella). Uit publicaties blijkt dat deze co-infecties in de VS regelmatig voorkomen. Klinisch ervaring van Europese specialisten op het gebied van Lyme en co-infecties en recente publicaties versterken het vermoeden dat co-infecties ook in Europa meer voorkomen dan eerder werd gedacht. Co-infectie kunnen gemakkelijk gemist worden als hier niet gericht op wordt getest. Het klinische beeld van deze co-infecties gaat grotendeels gepaard met dezelfde symptomen als die kunnen worden gezien bij chronische Lyme-borreliose. Verder is gebleken dat de aanwezigheid van deze infecties de genezing van borreliose kunnen bemoeilijken. Persisterende klachten na een behandeling voor Lyme-borreliose kunnen dus ook door onbehandelde co-infecties veroorzaakt worden.